用户经常抱怨过滤器使用寿命太短，这主要有三种原因：其一，过滤器中的过滤材料面积太小或单位面积的容尘能力太小；其二，预过滤器的过滤效率偏低；此外，用户对过滤器使用寿命的期望值过高。
对于第一种原因，改用面积大的过滤器明显延长使用寿命，最好是在设计是就考虑到这一点，项目建成后再去改造就过滤系统以延长其使用寿命就麻烦了。许多工程中，用户要求尽可能地缩小空调系统占用空间，或用户在压价中没有注意到供应商使用了过滤面积小的便宜过滤器。工程验收时过滤器能满足空气净化的要求，但由于过滤器的滤材面积太小，过滤器的使用寿命也就长不了。
对于第二种原因，可以调整预过滤器的过滤效率，将灰尘挡在预过滤器。例如，末端过滤器是F7，使用G4预过滤器时末端过滤器的使用寿命是3个月，改用预F5过滤器后末端过滤器的使用寿命延长至半年。在洁净室，末端高效过滤器的价值并不高，但更换过滤器的风险和间接费用会很高，而更换预过滤器则无须停产，所以有经验的业主会把注意力和金钱花在预过滤器上。
对于万级和10万级洁净厂房（非均匀流），预过滤可选用F8过滤器（比色法95%），这样，末端高效过滤器的使用寿命一般可达5年。在国内过去的洁净室空调系统设计中，过滤器的常见配置为：粗效→中效→高效。那时末端高效过滤器的使用寿命仅为1～3年。
主过滤器的使用寿命取决于预过滤器的优劣。